瑞浪超深地層研究所では，坑道埋め戻しに関して，研究坑道（主立坑，換気立坑，水平坑道など）の埋め戻しと，地上および坑内既存設備などの撤去を対象とした設計を行いました。

坑道埋め戻しにおいては，坑道（立坑，水平坑道等）の形状を考慮し，主に埋め戻し方法（立坑，水平坑道），排水方法について施工計画を立案します。また，施工の際は，主に埋め戻し材の品質管理，出来形管理，排水処理設備の維持管理（排出水の水質管理）を行います。

瑞浪超深地層研究所の研究坑道の安全対策と安全管理として，坑内設備（換気設備，給気設備，避難所），坑内管理システム（入出坑管理システム，坑内環境管理システム，坑内火災監視システム，坑内通信監視システム）を設置し，運用しました。

坑道の埋め戻しに伴う研究所周辺の環境への影響の有無を確認するため，坑道からの排出水や河川水などの水質，河川流量，地下水位，騒音・振動，耕作地の土壌（塩化物イオン）の調査を必要に応じて実施し，研究所の事業が周辺環境へ問題となる影響を与えていないことを確認します。図に水質調査位置図を示します。なお，坑道の埋め戻しが進み排出水がなくなれば，河川水などの水質などのモニタリングは必要なくなります。