茨城地区の研究開発拠点においては、平成23年3月の地震により、原子炉施設等の建家自体は影響はありませんが、関連施設や一般の建物において大きな被害を受けました。
一方で、環境への放射性物質の漏えい、火災、負傷者等はなく、安全上の問題は発生しませんでした。
各施設とも安全は確保されていますが、修復すべき箇所が多岐にわたっており、予算や点検・復旧スケジュール等を含めた復旧計画に従い順次復旧を進めております。
平成23年10月5日、大洗研究開発センターが文部科学省へ「JMTR 原子炉建家に関する点検の状況（容量：0.3Mバイト）」について報告しました。
（各施設の状況（平成23年7月末時点））
・東海研究開発センター（原子力科学研究所（容量：12Mバイト）・核燃料サイクル工学研究所（容量：3.8Mバイト））
平成23年5月30日、東海研究開発センター（原子力科学研究所（容量：1.5Mバイト）、核燃料サイクル工学研究所（容量：2.2Mバイト））が文部科学省へ「東北地方太平洋沖地震に伴う被害状況」(平成23年4月22日の報告以降に確認されたもの)について報告しました。
平成23年4月22日、東海研究開発センター（原子力科学研究所（容量：8Mバイト）、核燃料サイクル工学研究所（容量：5Mバイト））、大洗研究開発センター（容量：14Mバイト）が文部科学省へ「東北地方太平洋沖地震に伴う被害状況」について報告しました。
平成23年4月19日、第12回原子力委員会定例会議において、原子力機構は「東日本大震災に伴う対応状況」について報告しました。
（各施設の状況（平成23年3月末時点））
・東海研究開発センター（原子力科学研究所・核燃料サイクル工学研究所）
茨城地区以外の研究開発拠点においては、平成23年3月の地震による被害は発生しておらず、安全は確保されています。