沿革
沿革を掲載しています。
| 2005年 | 10月 | 独立行政法人日本原子力研究開発機構発足（統合への経過） |
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| 2006年 | 1月 | 原子力エネルギー基盤連携センターを設置 |
| 2月 | J‐PARCセンターを設置 | |
| 4月 | 青森県六ヶ所村に青森事務所を設置 | |
| 2007年 | 4月 | 青森研究開発センターを設置（青森事務所及びむつ事業所を改組） |
| 7月 | 大洗研究開発センターに照射試験炉センターを設置（材料試験炉関連組織の改組） | |
| 10月 | 光医療研究連携センターを設置 | |
| 2008年 | 2月 | 敦賀本部に原子炉廃止措置研究開発センターを設置 （新型転換炉ふげん発電所を名称変更） |
| 2009年 | 2月 | 埋設事業推進センターを設置 |
| 2010年 | 12月 | 核不拡散・核セキュリティ総合支援センターを設置 |
| 2011年 | 5月 | 福島支援本部を設置 |
| 11月 | 福島技術本部を設置（福島支援本部を改称） | |
| 2012年 | 4月 | 原科研・サイクル研・大洗に福島対応の特別チーム設置 |
| 2013年 | 6月 | 運営管理部門に原子力機構改革推進本部を設置 |
| 10月 | 原子力機構改革推進本部を原子力機構改革本部に改組するとともに、新たにもんじゅ安全・改革本部を設置 | |
| 2014年 | 4月 | 機構改革計画に基づく組織再編（原子力機構改革） |
| 2015年 | 4月 | 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構に名称変更 |
| 9月 | 楢葉遠隔技術開発センターを一部運用開始 | |
| 11月 | 原子力規制員会から文部科学大臣へ「もんじゅ」に係る勧告 | |
| 2016年 | 4月 | 核融合研究開発及び量子ビーム応用研究の一部を分離し、国立研究開発法人放射線医学総合研究所へ統合し、国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構が発足 楢葉遠隔技術開発センター（楢葉町）の運用開始 |
| 12月 | 原子力関係閣僚会議が「もんじゅ」廃止を決定 | |
| 2017年 | 3月 | 施設中長期計画公表 |
| 4月 | 廃炉国際共同研究センター国際共同研究棟（富岡町）の運用開始 | |
| 2018年 | 3月 | 大熊分析・研究センター施設管理棟（大熊町）の運用開始 「もんじゅ」の廃止措置計画認可 |
| 4月 | 敦賀廃止措置実証部門を設置 | |
| 6月 | 東海再処理施設の廃止措置計画認可 | |
| 12月 | バックエンドロードマップ公表 | |
| 2019年 | 4月 | バックエンド統括本部を設置 |
| 10月 | 将来ビジョン「JAEA 2050 +」公表 | |
| 2020年 | 3月 | 原子炉安全性研究炉(NSRR)の運転再開
※新規制基準に係る設置変更許可申請（2015年3月）
※許可取得（2018年1月） |
| 2021年 | 2月 | 研究用原子炉JRR-3の運転再開
※新規制基準に係る設置変更許可申請（2014年9月）
※許可取得（2018年11月） |
| 7月 | HTTR（高温工学試験研究炉）の運転再開
※新規制基準に係る設置変更許可申請（2014年11月）
※許可取得（2020年6月） |
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| 10月 | JAEAイノベーションハブを設置 | |
| 2022年 | 1月 | 軽水炉研究推進室を設置 |
| 11月 | 高温ガス炉プロジェクト推進室を設置 | |
| 2023年 | 4月 | 海外事業統括部、新試験研究炉推進室を設置 |