昭和61（1986）年度以降の設備利用率は、比較的高く、順調に運転を継続している。
特に、平成7（1995）年度においては、定期検査のための停止期間が少なく、また事故・故障等の発生がなかったため、年度設備利用率は、過去最高の86.2％となった。
平成９（1997）年度の設備利用率は、低くなっている。これは、重水精製装置からの重水の微量漏えいに関する関係部署への通報連絡の遅れにより、大臣から停止命令を受け、プラントを停止して通報連絡体制等の改善対策の検討を実施したこと（停止期間：約1.5か月）、第14回定期検査において、中性子検出器の先端部が脱落していることを発見し、当該検出器をはじめ、類似の検出器についても取替えることとしたため、定期検査工程を約１か月延長したことなどにより、プラント停止期間が長くなったためである。
平成11（1999）年度の設備利用率は、低くくなっている。これは、第15回定期検査において、長期定期検査計画に基づきＢループ原子炉再循環ポンプの分解点検及び系統化学除染を行ったため、予定期間が計画段階から長かったこと（131日）、Ｂ原子炉再循環ポンプの試運転中にポンプに不具合が発生したこと及び重水精製装置（RI施設）からの重水漏えい関する原因調査及び対策実施のために76日要したことによるものである。また、平成11（1999）年10月に、シールプラグの機能低下により約１か月プラントを停止したことも要因となっている。
平成12（2000）年度については、平成11年度計画停止後の原子炉起動時、制御棒位置指示計の不良に関する原因調査及び対策の実施のために25日を要したこと、第15回定期検査と同様に、Aループ原子炉再循環ポンプの分解点検及び系統化学除染を行ったため、予定期間が計画段階から長かった（154日）ため、設備利用率が低くなった。
平成13（2001）年度については、平成13年５月に、ヘリウム系配管からのヘリウム漏えいが生じたため、計画停止開始を約20日早めて実施したこと、ヘリウム漏えいの原因調査と対策検討に長期間（約7.5か月）を要したこと及び継続して第17回定期検査を実施したため、これまでで最も低い設備利用率（14.5％）となった。

　以上、本格運転開始当初はSCC対策として原子炉冷却系配管の取替えなどの改造工事を実施したこと