タンパク質の機能のほとんどが、水素原子の脱吸着で進行する。このために水素結合が重要な役割を果たす。このメカニズムを理解するためには、水素原子の位置を含めて構造を明らかにしなければならない。4σレベルの密度地図(上図)で比較すると、タンパク質構造解析の王道であるＸ線結晶解析では、水素原子の位置はほとんどわからないのに対し、中性子では水素の位置を見ることができる（図：上段は中性子構造解析（水素原子が見える）、下段はＸ線構造解析（水素原子はごく一部を除き見えない）。